Thanh Minh Tự được thành lập từ 1876 (năm Bính Tý) dưới thời vua Tự Đức, để đáp ứng nhu cầu tâm linh của cộng đồng Phật tử, Hội Thanh Minh đã làm lễ đặt đá và xây dựng ngôi chùa nằm trên phần đất giáp biển Đồi Dương. Gần 140 năm hình thành, trước khi được phục dựng, ngôi cổ tự Thanh Minh đã trải qua năm tháng chiến tranh và hứng chịu sự hư hại do thiên tại để lại.
Theo lịch sử ghi lại, từ ngày đầu thành lập cho đến khi được trùng tu, ngôi chùa vẫn lưu giữ lối kiến trúc cổ kính với tiền điện an vị Đức Phật Bổn Sư, hậu điện thờ ngài Tiêu Diện Đại Sĩ, một vị Hộ Pháp được các chùa Việt Nam từ xưa đến nay hay thờ chung với ngài Vi Đà Hộ pháp, một trong những hóa thân của Quan Thế Âm Bồ-tát với hạnh nguyện hàng phục yêu ma và cứu độ chúng sinh.
Ngoài ra, trong chùa còn thờ các vị Tiên linh, Tiền hiền khai khẩn, Hậu hiền khai cơ với công đức kiến tạo nên sự an cư lạc nghiệp và bình an cho người dân xứ biển Tam Phan. Trong khuôn viên Thanh Minh tự còn có miếu Ngũ Hành thờ Ngũ vị Thánh Mẫu: Kim - Mộc – Thủy - Hỏa - Thổ, một tín ngưỡng nhân gian Á Đông để thể hiện lòng tôn kính và tri ân đối với những vị thần cai quản vũ trụ, đều hoà thời tiết, giúp người dân có cuộc sống bình an và ấm no.
Cuối năm 2012, khi tập đoàn Rạng Đông về tiếp quản khu đất xung quanh chùa để làm dự án Khu biệt thư cao cấp, nhìn thấy ngôi chùa cổ Thanh Minh và miếu Ngũ Hành đã xuống cấp trầm trọng, nhưng ẩn chứa giá trị tâm linh vô giá. Vì vậy, để gìn giữ hồn thiêng của Phật giáo, Tập đoàn Rạng Đông đã phát tâm đầu tư kinh phí tôn tạo, phục dựng lại toàn bộ khuôn viên ngôi cổ tự.
Sau hơn 1 năm (từ tháng 10/2015 - 10/2016) với việc tôn tạo, sữa chữa, chủ đầu tư đã phục dựng gần như nguyên trạng kiến trúc cách đây 140 năm, trong đó có cả chiếc giếng cổ, thể hiện sự trang nghiêm, độc đáo và thanh tịnh của chùa cổ. Bên cạnh đó kiến trúc Phan Thiết xưa với kết cấu nhà 2 gian cột gỗ tại chánh điện và nhà thờ, mái lợp ngói âm dương, phù điêu chạm khắc hình rồng tinh tế.
Bên ngoài chùa, bước vào là cổng tam quan khắc tên“Thanh Minh Tự”, kế đến là Tôn tượng Bồ Tát Quan Thế Âm bằng gỗ nguyên khối được an vị lộ thiên trên mặt hồ trước sân. Chánh điện trước sau, miếu ngũ hành, thiền đường được bao bọc quanh hồ nước trong xanh có cầu bắt ngang. Sân chùa được bố trí nhiều cây xanh và bon-sai để làm tiểu cảnh, tạo thành một không gian trầm mạc, thoáng đãng và thiền vị.
Thanh Minh Tự ngày nay giữ vai trò gìn giữ nét đẹp văn hoá Phật giáo, truyền thống đạo đức dân tộc, tập quán tín ngưỡng tâm linh, và cũng là điểm tựa cho bao tâm hồn bất an trở nên lắng động. Đặc biệt nơi đây còn là điểm thu hút người dân địa phương và khách du lịch các nơi đến để thưởng ngoạn, lễ bái.
Với sự thanh tịnh vốn có của ngôi cổ tự, Thanh Minh đã làm diệu đi cái nắng, cái gió quanh năm trên vùng đất Phan Thiết, giúp người ta trở nên hiền hoà, bình an, và được che chở bởi sự từ bi của Đức Phật và Thánh hiền.
