Vào đầu thế kỷ 20, trên bước đường du hóa để hoằng pháp lợi sanh, Tổ sư Chí Thiền đã tìm đến vùng Tịnh Biên – An Giang để trụ tích, kiến lập đạo tràng, cứu giúp lưu dân qua cơn bĩ cực của đời nô lệ lầm than. Ngôi chùa nghèo Phi Lai từ đó trở thành chốn Tổ đình vang danh trong thiên hạ từ thời chấn hưng Phật giáo, bí mật ủng hộ các phong trào kháng Pháp ở miền Tây Nam Bộ cho đến tận ngày nay. Từ đạo tràng này, nhiều thế hệ danh Tăng Ni đã thành tựu đạo nghiệp, trở thành các bậc pháp khí của Phật giáo Việt Nam. Họ tỏa về các ngả, góp phần xây dựng, mở rộng Tông môn pháp quyến và truyền trì mạng mạch Phật pháp nơi cộng đồng xứ sở.
Giữa miền địa linh Bảy Núi – An Giang có một ngọn núi nhỏ mang tên Kỳ Hương, khi xưa thuộc làng Tú Tề – Doi Bà Khẹt, huyện Tịnh Biên, tỉnh Châu Đốc. Nay là ấp Núi Voi, huyện Tịnh Biên, tỉnh An Giang. Trong cuộc sống chan hòa giữa những cư dân Việt và Khmer bản địa, nổi bật lên những mái chùa Phật giáo Nam tông và một ngôi chùa Việt có tên là Phi Lai Cổ Tự. Tiên khởi, đây vốn là một ngôi chùa làng, được những lưu dân Việt dựng lên vào năm 1786 để làm chốn nương dựa tinh thần trong những ngày đầu đến khai phá miền sơn lâm chướng khí nơi biên ải. Người đời truyền rằng, vào năm 1900, dân làng Tú Tề nằm mộng thấy Đức Phật Thầy Tây An báo rằng sẽ có một vị cao tăng sắp về đây truyền đạo. Họ đã háo hức chờ đợi suốt ba ngày ba đêm và cuối cùng đã đón được Tổ sư Chí Thiền đang trên đường vân du qua đây. Tổ vừa đến bao người mừng rỡ, biết là trụ trì tại cảnh Phi Lai, quỳ thỉnh Tổ về chùa an trú. Tổ chấp thuận ở đây tu niệm, đạo phong Ngài sáng chói nước non, hương giới đức gần xa quy ngưỡng.
Theo lời người xưa truyền lại thì chùa Phi Lai khi ấy được Tổ Chí Thiền kiến tạo khá quy mô trên một khu đất rộng gần 2 mẫu tây. Các công trình vừa chính vừa phụ đếm được trên 20 nóc. Để có kinh phí cải tạo chùa và hoạt động Phật sự, Tổ đã đứng ra chiêu mộ dân phu và Phật tử, cùng hương chức địa phương khẩn hoang, thành lập các nông trại làm ruộng, đồng thời tổ chức mua bán khoai, muối, tích trữ huê lợi. Nổi tiếng đương thời là bậc chân tu, lấy tinh thần cứu tế, giúp đỡ xã hội, chúng sinh làm mục đích chính, Tổ Chí Thiền đã dẫn dắt chư Tăng chùa Phi Lai thường xuyên hỗ trợ người dân vùng biên ải khó khăn. Điển hình là các hoạt động cứu giúp nạn dân tỉnh Châu Đốc qua cơn thiên tai tàn khốc năm Đinh Mùi (1907), tương tự như việc ngài đã từng làm với nhân dân Gò Công trong nạn nước năm Giáp Thìn (1904). Dần dần, uy đức và đạo hạnh của Tổ được truyền tụng khắp nơi và lan sang tận nước bạn Campuchia. Có lời đồn rằng, Sãi cả chùa Tà Lạp nước láng giềng vì mến mộ Tổ mà dâng tượng Phật vàng tôn thờ tại chùa Phi Lai.
Cảm phục ân đức sâu dày của Tổ Chí Thiền, tứ phương Tăng tục đã quy tụ về dưới chân ngài để cầu đạo, có cả người Việt, người Hoa và người Khmer, biến ngôi chùa Phi Lai trở thành chốn già lam sung túc, cuộc sống người dân quanh vùng có nhiều biến đổi tốt đẹp. Trong thời gian hơn 60 năm “tác Như Lai sứ hành Như Lai sự”, Tổ đã quy y Tam bảo cho hàng trăm Phật tử hữu duyên và hơn 200 Tăng Ni xuất gia, góp phần khơi nguồn, hun đúc nên những thế hệ Tăng Ni tài danh tiếp sau. Mà nhiều vị trong số đó đã có những đóng góp to lớn trong việc phát triển Phật giáo Việt Nam qua các thời kỳ, làm cho tổ ấn quang huy, chúng sinh lợi lạc, tốt đời đẹp đạo. Tiêu biểu là các Trưởng lão hòa thượng Thiện Hoa, Trí Tịnh, Hồng Pháp, Hồng Nhẫn, các trưởng lão Ni: Diệu Kim, Diệu Tịnh, Hải Ấn v.v... Hiện nay, Hòa thượng Thiện Nhơn - đương kim chủ tịch HĐTS GHPGVN cũng thuộc tông phong pháp quyến của Tổ Chí Thiền – Phi Lai.
Ngài Như Hiển - Chí Thiền sinh tháng 2-Tân Dậu (1861) tại xã Diêm Sơn, H.Duy Xuyên, tỉnh Quảng Nam. Năm Tân Tỵ (1881) khi tỏ ngộ lý vô thường, ngài đến xin quy y xuất gia với Tổ Minh Mai - Phương Danh, trụ trì chùa Giác Viên, Giác Lâm Gia Định, được Tổ ban pháp húy Như Hiển, hiệu Chí Thiền, nối pháp dòng Lâm Tế Gia Phổ đời thứ 39. Sau thời gian dài tịnh tu ở vùng Núi Cấm, đến năm 1905, Tổ sư được người dân, Phật tử xung quanh làng Tú Tề biết đến là vị thiền sư có tấm lòng từ bi cao cả, giới đức uy nghiêm nên đã cung thỉnh ngài về trụ trì chùa Phi Lai. Từ đó, ngài ở lại làng để hoằng truyền Chánh pháp, nuôi dạy Tăng tài, cứu tế từ thiện và trùng tu ngôi chùa lá đơn sơ bé nhỏ trở thành một chốn Tổ khang trang. Tổ Chí Thiền là một bậc long tượng của Phật giáo Việt Nam với nhiều cống hiến nổi bật cho đạo pháp và dân tộc. Ngoài việc đóng góp kinh tài, những năm 1915 – 1930, chùa Phi Lai còn là nơi hội họp của chư vị Hòa thượng Khánh Hòa, Huệ Quang, Pháp Hải, Khánh Anh, Vạn Ân, Phổ Tuệ v.v…để bàn phương hướng chấn hưng Phật giáo Việt Nam. Các Giới đàn, các khóa An cư Kiết hạ và các lớp Phật học gia giáo thường xuyên được tổ chức tại chùa Phi Lai. Ngài trụ thế 73 năm, hành đạo 52 năm và về cõi Phật năm 1933.
Sau khi Tổ Chí Thiền viên tịch, năm 1945, một biến cố nghiêm trọng đã xảy ra khiến ngôi Tổ đình bị thiêu hủy hoàn toàn cùng với 14 sinh mạng, trong đó có Trụ trì chùa Phi Lai – cố Hòa thượng Thích Thiện Minh – trưởng tử của Tổ. Hai năm sau, cố Hòa thượng Thiện Tòng (chùa Trường Thạnh, Sài Gòn) và Ni trưởng Diệu Kim (chùa Bảo An, Cần Thơ) đã đứng ra vận động tái thiết ngôi tổ đình lần thứ nhất, quy mô khiêm tốn hơn nhiều so với công trình mà Tổ đã xây dựng ngày trước. Rồi theo thời gian, chốn già lam linh địa năm xưa một lần nữa lại đứng trước nguy cơ hư hại, xuống cấp nghiêm trọng sau hơn nửa thế kỷ tồn tại. Năm 2018, với sự khởi xướng của Hòa thượng Thích Thiện Nhơn – Chủ tịch HĐTS GHPGVN, Viện chủ Chùa Minh Đạo (TP.HCM), chư Tôn đức Tăng Ni Môn hạ tổ đình Phi Lai đã phát tâm đại trùng tu chốn Tổ, để báo đáp phần nào ân đức sâu dày của liệt tổ, đồng thời góp công tôn tạo một thắng tích lịch sử của nước nhà.
Sau cuộc đại trùng tu kéo dài trong gần ba năm 2018 - 2020, Tổ đình Phi Lai đã có bước chuyển mình lịch sử, trở thành một ngôi Đại hùng bửu điện bề thế, với lối kiến trúc hiện đại pha lẫn nét văn hóa truyền thống của Phật giáo vùng An Giang cũng như của Việt Nam nói chung. Tổng thể công trình gồm có các hạng mục: Chánh điện, Nhà Tổ, Trai đường, khu Tăng phòng, Khu lưu niệm và Tôn tượng Bồ-tát Quan Thế Âm được tạc bằng đá cao 11m, cùng vườn cảnh lộ thiên tọa lạc trên diện tích gần 3 hecta. Trong đó, nổi bật nhất là tòa Chánh điện có chiều ngang hơn 33 m, chiều dài gần 59m, chiều cao 36,5m, bố cục một trệt, một lầu và bảy mái cổ lầu cùng với một đỉnh tháp bằng đồng dát vàng có trọng lượng 3 tấn và chiều cao lên đến 8m. Ngoài ra, Tổ đình còn có khu lưu niệm, nơi lưu giữ những tôn tượng Phật và Bồ tát từ thời Tổ Chí Thiền đến nay.
Tổ đình Phi Lai là ngôi cổ tự gắn liền với dòng lịch sử của bậc cao tăng có nhiều công lao trong công cuộc xiển dương chánh pháp và chấn hưng Phật giáo, nơi hội tụ những giá trị đạo đức tâm linh, văn hóa tín ngưỡng đặc thù chùa Việt. Đây cũng là địa chỉ sinh hoạt Phật sự của chư Tăng và Phật tử tứ phương tìm về nương tựa, tu tập, thực hành lời Phật dạy, noi theo tấm gương đạo hạnh sáng ngời của Tổ sư Như Hiển – Chí Thiền và chư vị tiền bối.
