Nhìn từ lịch sử, hệ phái Vĩnh Nghiêm là dòng Thiền khởi nguồn từ Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử thời Phật hoàng Trần Nhân Tông ở thế kỷ 13, bắt đầu từ ngôi chùa Tổ trên đất Bắc Giang. Nhưng sau khi Thiền phái Trúc Lâm phát triển sâu rộng qua nhiều thời kỳ, Vĩnh Nghiêm tự thân đã hình thành một dòng thiền biệt lập. Nhất là kể từ thời điểm Tổ Vĩnh Nghiêm – tức Hòa thượng Thích Thanh Hanh – cố Thiền gia pháp chủ miền Bắc chấn hưng Phật giáo những thập niên đầu thế kỷ 20. Tuy vậy, tinh thần tu tập và gắn kết với cộng đồng xã hội của Hệ phái vẫn tuân theo chủ trương của Trúc Lâm Tam tổ ngày trước.
Tổ đình được khởi công xây dựng từ năm 1964 đến năm 1971 thì hoàn thành. Nhìn hình dáng bề ngoài, Tổ đình được lấy nguyên mẫu thiết kế từ một ngôi chùa Tổ cùng tên là Vĩnh Nghiêm tỉnh Bắc Giang, kiến lập từ đời vua Lý Thái Tổ, vốn là trung tâm truyền bá Phật giáo của thiền phái Trúc Lâm ngày trước. Và tác giả kiến thiết nên ngôi già lam nổi tiếng này là một tên tuổi khá lừng danh trong giới kiến trúc xưa - kiến trúc sư Nguyễn Bá Lăng với sự cộng tác của hai kiến trúc sư Lê Tấn Chuyên và Cổ Văn Hậu.
Tính đột phá của công trình Tổ đình Vĩnh Nghiêm là ở việc sử dụng vật liệu bê tông, cốt thép trong một kết cấu hoàn toàn mới so với việc xây dựng chùa trước đó bên bờ kênh Nhiêu Lộc. Kết cấu này mang lại vẻ bề thế vững chãi, uy nghi, rộng lớn nhưng vẫn mang dáng đường nét cổ kính của một ngôi cổ tự miền Bắc . Kinh phí xây dựng chùa vào khoảng 98 triệu đồng ở thời điểm lúc bấy giờ, từ việc đóng góp công đức của chư Tăng Ni và Phật tử, nhất là các vị nguyên quán miền Bắc sinh sống tại miền Nam.
Trên khuôn viên rộng chừng 10.000 m2, Tổ đình Vĩnh Nghiêm phương Nam được kiến thiết khá kỳ vĩ với nhiều hạng mục khác nhau, bao gồm Phật điện, Bảo tháp Quán Thế Âm, Tháp đá, Bảo tháp xá lợi cộng đồng, Phương trượng đường, khách đường, lầu chuông, cơ sở văn hóa xã hội v.v... Trong đó, trung tâm của kiến trúc là Phật điện với ba lớp nhà Bái Điện, Bản Điện và Địa Tạng Đường theo kiểu chữ công. Chính giữa đỉnh nóc tòa Phật điện có bánh xe pháp luân và xung quanh các mái là hình đầu phượng, phảng phất bóng dáng lối chùa xưa miền Bắc. Đây là một tòa kiến trúc nguy nga dài 35 mét, rộng 22 mét và cao 15 mét. Bàn thờ Phật được thiết lập ở vị trí trung tâm, với chính giữa là tôn tượng Đức Phật Bổn Sư Thích Ca Mâu Ni, hai bên có Văn Thù Bồ Tát và Phổ Hiền Bồ Tát, một vị chủ về đường trí tuệ, một vị chủ về đường hạnh nguyện.
Cùng với Phật điện và cơ sở văn hóa xã hội, Bảo tháp Quán Thế Âm là một trong ba hạng mục cơ bản được xây dựng đầu tiên của Tổ đình Vĩnh Nghiêm. Bảo tháp là công trình nổi bật trong khuôn viên chùa, gồm 7 tầng, cao gần 40m, được xem là kiến trúc đồ sộ thuộc hàng bậc nhất trong các ngôi bảo tháp của Phật giáo Việt Nam. Ðỉnh tháp có 9 bánh xe và những hình khối tròn gọi là Long xa và Quy châu. Bên trong tháp, mỗi tầng đều có bàn thờ Bồ tát Quán Thế Âm.
Đối diện với Bảo tháp Quán Thế Âm qua khoảng sân rộng thoáng của chùa là tháp đá Vĩnh Nghiêm. Nơi tôn thờ cố Hòa thượng Thích Thanh Kiểm - một trong những vị tiền bối thạch trụ tòng lâm, đã có nhiều đóng góp quan trọng trong việc đào tạo tăng tài cho Phật giáo Việt Nam thế kỷ 20. Việc tổ chức nghi lễ của Tổ đình Vĩnh Nghiêm được kết hợp giữa 3 tông phái: tông phái Tỳ-Ni-Đa-Lưu-Chi thế kỷ VI, hệ phái Vô Ngôn Thông thế kỷ VIII, hệ phái Thảo Đường thế kỷ XI, tức là bao gồm cả thiền, tịnh và mật. Hệ phái Trúc Lâm Tam Tổ đời nhà Trần thế kỷ thứ XIII cũng kết hợp 3 hệ thống trên.
Được thành lập vào thế kỷ thứ XIII, tổ đình Vĩnh Nghiêm tại TP.HCM cũng trực thuộc tông phái Vĩnh Nghiêm (hệ phái Trúc Lâm Tam Tổ) tại Bắc Giang. Do vậy, mặt tiền trước chùa thờ đức Bổn Sư Thích Ca Mâu Ni Phật, còn phía sau chùa thờ ba vị Tổ của dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử - Phật Hoàng Trần Nhân Tông, Nhị Tổ Pháp Loa và Tam Tổ Huyền Quang. Hiện nay, những Thiền sư kế thừa tư tưởng từ dòng thiền Trúc Lâm này vẫn lấy tôn chỉ: “Giáo ngoại biệt truyền, bất lập văn tự, trực chỉ nhân tâm, kiến tánh thành Phật” làm chủ đạo mà giáo hóa chúng sanh. Kế thế cố Hòa thượng Thích Thanh Kiểm, trụ trì Tổ đình Vĩnh Nghiêm hôm nay là Thượng tọa Thích Thanh Phong đã có nhiều nhiệt tâm và đóng góp trong các hoạt động Phật sự và công tác xã hội trên tinh thần đạo đời viên dung, Phật pháp bất ly thế gian pháp. Chùa thường xuyên tổ chức những hoạt động cộng đồng gắn liền với xã hội và tín ngưỡng, thu hút đông đảo Phật tử và khách thập phương tham gia, đồng thời tạo được uy tín vững vàng trong cộng đồng dân tộc và cộng đồng Phật giáo tại TP. HCM nói riêng và trong cả nước nói chung. Điển hình là các chương trình hiến máu nhân đạo mỗi năm hai lần vào ngày rằm tháng 2 và tháng 7 âm lịch. Đại lễ cầu siêu tưởng niệm các anh hùng liệt sĩ trong tháng 7 hay các lễ cầu siêu cho nhân dân tử nạn trong các cuộc chiến tranh và nạn nhân tử vong do tai nạn giao thông…
Trong những ngày lễ lớn của Phật giáo như lễ Phật đản Vesak, lễ Vu lan rằm tháng bảy v.v... chùa đều có những buổi giảng kinh, thuyết pháp cũng như các khóa tu, thọ Bát quan trai giới để hướng dẫn Phật tử trên con đường tu tập Thánh đạo. Tổ đình Vĩnh Nghiêm cũng là nơi tiếp đón các phái đoàn Phật giáo trong và ngoài nước đến thăm viếng, giao lưu, hội họp, đánh dấu sự hội nhập của dòng phái nói riêng và Phật giáo Việt Nam nói chung với Phật giáo thế giới.
Nép mình ở một góc sân nhỏ của Tổ đình Vĩnh Nghiêm là quả chuông đồng do Tông Tào Động của Phật giáo Nhật Bản tặng trong thời chiến tranh, để cầu nguyện cho Việt Nam sớm được hoà bình. Đây được xem như một kỷ vật của ký ức, đại diện cho một giai đoạn lịch sử tồn tại của chùa và đồng thời cũng minh chứng sống động cho tinh thần giao lưu và hội nhập của Tông phái Vĩnh Nghiêm ngay từ khi ngôi chùa Tổ phương Nam này được thiết lập. Để ngày nay, chùa đã trở thành một địa điểm du lịch tâm linh nổi tiếng nhất tại TP.HCM, mỗi ngày đón hàng ngàn tín đồ Phật tử các nơi trên cả nước đến chiêm ngưỡng và lễ bái.
